Почему у меня на ферме после повышения до 2 уровня,в здании работают индейцы а во всех остальных коланисты.

Это произошло не из-за повышения уровня, а из-за последнего нововведения. Теперь во всех фермах и плантациях работают пленные туземцы.
Достать их можно только отправив обоз с войсками в рейд на туземцев.