Хотел попродавать колонистов, но это не возможно, может быть кто- нибудь подскажет как их можно продать?

Колонистов продать нельзя, из них можно произвести других юнитов, которых уже можно будет продать.

А в этом случае жилище опустошается и юниты переходят в казарму?

Если производить военных юнитов, то да.